Franz-Josef Brüggemeier estudió en las universidades de Bremen y Essen, y se convirtió en profesor de la Universidad de Hannover en 1995. En 1998 se trasladó a la Universidad de Friburgo, donde fue catedrático de Historia Económica, Social y Medioambiental hasta su jubilación en 2018, cuando pasó a ocupar el título de Profesor Emérito.