João Baptista Magalhães é natural de Várzea de Ovelha e Aliviada, concelho do Marco de Canaveses, distrito do Porto. É licenciado em Filosofia pela Faculdade de Letras da Universidade do Porto. Concluiu o Mestrado em Epistemologia e Filosofia do Conhecimento, no regime de quatro anos, na Faculdade de Filosofia da Universidade Católica. Foi professor na Escola do Magistério Primário do Porto, na Escola Secundária Alexandre Herculano, onde se tornou efetivo. Lecionou, como professor convidado, no Instituto Superior de Serviço Social do Porto.